新学期が始まり、毎朝登校中に雪兎に会えると言ってさくらはなんとなく嬉しそう。 学校に行く途中で、公園で格闘技の有段者をやっつける女の子の話を、さくらは聞く。
さくらのクラスに香港からの転校生がやってくるが、それは前の日にさくらが小狼のマンションで居合わせた女の子。 李苺鈴という名前で、小狼の婚約者と名乗り、さくらに嫉妬して、ことあるごとにさくらに挑戦してくる。 体育の時間に、苺鈴は得意げに側転と自由演技を見せつける。 ところが、さくらも負けないくらいの演技をしてみせると、苺鈴は激しくさくらをにらみつける。
夕食の時に、格闘家をやっつける女の子の話がのぼる。 新聞によると、その女の子は風変わりな服装をしているというので、さくらはクロウカードの仕業かも、と考える。
さくらと知世とケロがカードが現れるのを待っていると、苺鈴がやって来て、ファイトのカードの仕業だという。 すぐにファイトが現れて、より強い相手を望むファイトは苺鈴に戦いを挑む。 戦いは苺鈴の優勢で始まったが、形成はすぐに逆転し、小狼が飛び込んで、苺鈴は助かる。 しかし、ファイトの反撃を受け、小狼は倒されてしまう。 怒りに燃えた苺鈴はファイトに襲いかかるが、ファイトは苺鈴には太刀打ちできなかった。 さくらはパワーのカードを使ってパワーアップして、戦いを挑み、ほんのまぐれでファイトを倒してしまう。 そして、ファイトを封印できるが、苺鈴はそのことが気に入らない。
さくらのクラスはマラソン大会に向けて練習をしている。 さくらと小狼はほとんど同じ速さで、寺田先生は二人の速さをたたえている。 苺鈴は自信満々だったが、そんな長距離を走ったこともなかったので、ペース配分がわからず、 ゴールする前に疲れ切ってしまう。 一方、知世は足をケガしていて、マラソン大会でさくらを撮影できると言って、なんだか喜んでいる。
その晩、苺鈴は無理をして練習し、すぐにおなかを痛めてしまう。 偉 (ウェイ) がやって来て、苺鈴に長距離走の呼吸の仕方とペース配分を教えてくれる。 苺鈴は練習を続け、なんとなくコツがわかってくる。
マラソン大会の日、小狼と苺鈴が戦闘に飛び出し、そのすぐ後ろをさくらが追う。 マラソンコースの途中で、妙なことに気づいてしまった。 三人は同じ場所を何度も走っていたのだ。 さらに、苺鈴が足首をひねってしまう。 実は、ループのカードがマラソンコース内をねじ曲げて、三人が巻き込まれていた。 ケロが言うように、さくらと小狼は不自然な空間のつながりを探す。 不自然な場所が見つかるやいなや、二人はそれぞれ、剣で境界線を切る。 封印されたカードはさくらのもとに飛んできた。 つまり、さくらの封印が少し早かったのだ。
その間に、三人以外のみんなはゴールしてしまった。 小狼は苺鈴をおぶって、さくらは二人と一緒に学校まで歩いて戻る。 ビリになってしまったが、三人はなんとなく幸せそうだった。
藤隆は発表資料の準備で大忙し。 それで、さくらと桃矢は家事をすべて引き受け、藤隆が仕事に集中できるように気を配る。 さくらは夜食を持っていくと、藤隆は考古学をとおして、世界中の人に、 それぞれの時代に多くの人が作り上げてきた長い人類の歴史について教えてあげたいと、さくらに話してくれた。
ケロと知世を連れて、さくらは塔和大学ではたらく藤隆に差し入れを持っていく。 さくらたちは藤隆の助手をしてくれている人たちに会い、藤隆の講義を見せてもらう。 その後、藤隆はあまり寝てないので、とても眠そうにしていることをさくらは気づき、 さくらと知世は、藤隆と助手の人たちにコーヒーの差し入れをする。 研究室に戻ると、助手の人たちは目の前で眠ってしまう。 それはスリープのカードの仕業だった。 さくらはカードを追って部屋に入り、ウィンディでスリープを拘束して封印する。 ところが、その間に藤隆のパソコンを壊してしまったことに気づく。 藤隆は優しく、そのことを許してくれた。
翌朝、藤隆は手書きで仕事を復元しようと思いつき、さくらに一日だけ助手をしてくれないかとお願いする。 さくらは快く引き受ける。 藤隆の努力と、さくらと桃矢のサポートのによって、資料は次の日の夜明けまでに仕上がった。
友枝小学校の音楽室に幽霊が出るという噂が立っている。 前の日に忘れ物をとりに学校に戻ったコーラス部の女の子が音楽室で歌声を聞いてしまったのだ。 それは単なる噂ではなく、さくらは音楽室に変な気配を感じる。 小狼も同様に感じていた。
桃矢もその噂を聞いていて、星條高校の生徒たちも歌声を聞き、声が友枝小学校の音楽室から聞こえていたことを突き止めていた。 さくらはその噂に震えていたが、その歌がきれいだという噂だから、一度聴いてみたいという雪兎の言葉に勇気を奮い起こす。
さくらは勇気を出して、ケロと知世と一緒に夜の学校に来るが、小狼と苺鈴も来ていた。 音楽室から歌声を聞き、苺鈴が我慢できずにドアを開けてしまったから、歌声の主は逃げてしまう。 しかし、校舎の上の方から歌声が聞こえ、さくらたちは階段を駆け上る。 ソングのカードが知世の歌声を真似ていたのだが、ケロが苺鈴をからかって、 それに対して苺鈴が大声を出したので、ソングは屋上に逃げてしまう。 さくらたちも屋上に出て、知世が課題曲を歌い出すと、ソングが歌に加わり、絶妙のハーモニーをかもし出す。 雰囲気が盛り上がり、ソングが実体化したところで、さくらはソングを封印する。 その後、さくらは雪兎が歌を聴きたいと言っていたことを思い出し、 カードを使って、知世とソングの美しいデュエットを録音する。