さくらは友枝小学校に通う小学4年生。 チアリーディングクラブに所属している。 ある日、誰もいない時に帰宅すると、さくらは地下室にある父親の書庫でクロウカードの本を見つける。 その本に触れるやいなや、本の封印が解かれてしまった。 本を開けてみると、中に あるのは魔法のカード。 手に取ったカード、ウィンディの名前を読み上げると、たちまち 強い風が吹いて、他のカードをすべて飛ばしてしまった。 その直後、本の表紙からぬいぐるみの ような生物が現れる。 その生物はケルベロス、省略してケロ、という名前で、その本の封印の 獣だと言う。 さくらがバラバラにしたカードはクロウカードという魔法のカードであることを ケロは教える。 クロウカードはいたずら好きなカードなので、この世の災いが起きる前に カードをすべて集めなければならない、ということで、ケロはさくらをカードの捕獲者 カードキャプターに任命する。
ちょうどその時、フライのカードが実体化し、夜空で暴れていた。 フライは巨大な鳥のような 姿をし、羽ばたくと突風が吹き荒れる。 初めての捕獲に怯えながらも、さくらは気を 奮い起こし、フライの上に飛び乗る。 フライは背中にさくらを乗せたまま空高く舞い上がる。 しかし、さくらはウィンディを使ってフライを縛り上げ、封印に成功する。
さくらの親友、知世は前の晩に偶然撮影したビデオをさくらに見せてくれた。 驚いたことに、映っていたのはフライを封印した直後、フライで空を飛ぶさくら。 しかも横にケロが飛んでいる。 さらに、驚いたさくらが声を上げると、カバンに 隠れていたケロが飛び出し、そのまま知世に見つかってしまう。 それで、さくらとケロは知世に秘密を打ち明けることに。
翌朝、校庭に机と椅子が山積みになっているのをさくらは見る。 教室の中もめちゃくちゃに 散らかっており、誰の仕業かわからない。 家に帰ってケロにそのことを話すと、ケロはクロウカードの仕業かもしれないと言う。
さくらと知世とケロは調査のため、その夜、学校に行くと、何体もの人の影がさくらを 攻撃してきた。 それはシャドウの仕業で、シャドウ自身は生徒の影を取り込んで パワーアップしていたのだ。 さくらが影たちに負けそうになっていたが、 知世が学校の照明をすべてつけてくれたおかげで影は姿を消してしまった。 すると、 さくらはシャドウ本体の位置を特定でき、ウィンディでシャドウを捕捉し、封印する。
水族館に見学に来ていたさくらは、不思議な出来事を目撃する。 ペンギンショーを見ていると、水槽の中に渦が起こり、ペンギンと調教師のお姉さんが おぼれそうになってしまう。 偶然そこでバイトしていたさくらの兄 桃矢が、調教師と ペンギンを渦から助ける。
さくらはホットケーキを食べながら、事件をケロに話す。 その時、桃矢が雪兎を連れて 帰ってきた。 雪兎にゾッコンのさくらは、雪兎にホットケーキをごちそうする。
ケロの見解によれば、水族館の不思議な事件はウォーティの仕業。 でも、ウォーティは元素カードの一つであり、気性も荒いので、まださくらには無理だと言う。 さらに、水のような形のないものを捕まえるのは難しいと、ケロは付け足す。 さくらが悩んでいると、雪兎が前の日のホットケーキのお礼になにかごちそうしたいと 言ってくれた。 そこで二人は日曜日にデートの約束をする。
日曜日、雪兎はおいしいかき氷があると言って、さくらを問題の水族館に連れて行く。 水族館の中の喫茶店にいると、水槽が割れて店が洪水に。 水の中で、さくらは自分の 足に渦が絡みついているのを見る。 雪兎はドアを壊して水を外に出し、さくらは無事に 水から出ることができた。 さらに、雪兎が 「氷」 という言葉を口にしてくれたおかげで、 さくらは作戦を思いついた。
夜になって、さくらと知世とケロは水族館に忍び込む。 ウォーティを挑発したさくらは、 ウォーティを冷凍室におびき寄せた。 さくらの予想どおり、ウォーティは冷凍室の中で 凍りつき、難なく封印することができた。
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